Um den zahlreichen Sorgen in Bezug auf den Datenschutz bei SWIFT Rechnung zu tragen, sieht die in Belgien angesiedelte Firma für Ende 2009 grundlegende Veränderungen der Systemarchitektur seines Finanznetzwerks vor.
Die Nachrichtenstruktur von SWIFT wird in zwei unterschiedliche Zonen aufgeteilt (Europa einerseits und Transatlantik - einschließlich den USA und Asien - andererseits); die unterschiedlichen Zonen werden mittels eines neuen globalen Operationszentrums in der Schweiz untereinander verbunden.
Nachrichten in Bezug auf Finanztransaktionen innerhalb der europäischen Zone werden dann jedoch nicht mehr im US-Rechenzentrum gespiegelt, sondern im neuen schweizerischen Zentrum. So werden diese Nachrichten nicht mehr in den USA abgespeichert und ausgewertet, sondern verbleiben innerhalb Europas.
Da es jedoch bis zur Durchführung der geplanten Änderungen noch bis 2009 dauern wird, ist SWIFT mit seinem US-Rechenzentrum dem "Safe Harbor"-Abkommen beigetreten.