En vue de répondre aux nombreuses préoccupations en matière de la protection des données, SWIFT prévoit des modifications d'envergure de l'architecture du système de son réseau financier pour fin 2009.
Le système de messagerie de SWIFT sera structurellement transformé en deux zones (Europe, d'une part, et Transatlantique, y inclus notamment les Etats-Unis et l'Asie, d'autre part) ; les différentes zones seront reliées par le biais d'un nouveau centre opérationnel global basé en Suisse.
Toutefois, les messages relatifs aux transactions financières effectuées endéans la zone européenne ne seront plus copiés sur les serveurs du centre Etats-unien, mais sur ceux du centre global en Suisse ; de cette façon, ces messages ne seront plus traités et aux Etats-Unis, mais resteront en Europe.
En attendant que ces modifications soient mises en place en 2009, SWIFT a adhéré aux accords "Safe Harbor" pour son centre opérationnel américain.