L’accès d’une administration publique aux informations à caractère personnel contenues dans les fichiers d’une autre, l’échange et le partage entre administrations et organismes publics de données concernant les administrés soulèvent d’épineuses questions de protection des données, en particulier lorsqu’elle prend la forme d’une interconnexion de fichiers. La Commission nationale s’est prononcée à ce sujet dans plusieurs avis, à savoir:
- Avis du 23 mai 2007 (coopération interadministrative entre les Administrations des Contributions directes, de l'Enregistrement et des Douanes et Accises)
- Avis du 16 novembre 2007 (coopération interadministrative entre les Administrations des Contributions directes, de l'Enregistrement et des Douanes et Accises - amendement)
- Avis du 30 novembre 2007 (introduction du boni pour enfant - loi du 21 décembre 2007)