La Commission nationale dispose d'un pouvoir d'enquête pour l'accomplissement des missions qui lui sont assignées par la législation européenne et nationale en matière de protection des données, à savoir par le règlement général sur la protection des données, par la loi du 1er août 2018 relative au régime général sur la protection des données, par la loi du 1er août 2018 relative à la protection des personnes physiques à l'égard du traitement des données à caractère personnel en matière pénale ainsi qu'en matière de sécurité nationale et par la loi modifiée du 30 mai 2005 relative à la protection des données dans le secteur des communication électroniques.
Le règlement définit notamment
- l’ouverture d'une enquête;
- les acteurs qui interviennent lors de l'enquête (chef d'enquête, les agents habilités, les experts externes);
- l'exécution de l'enquête (ordre de mission et déroulement) et
- la transmission du dossier d'enquête à la formation restreinte.